Mūsų mokykla įkurta 1921 m. liepos 1 d. Joje buvo tik keturios klasės. Jos reikėjo aplinkinių miestelių (Vainuto ir Kvėdarnos) gyventojams. Buvo motyvuojama tuo, kad dėl neturto į toli esančias mokyklas daugelis negali pasiųsti savo vaikų. Iniciatoriai buvo D. Markvaldas, J. Diglis, J. Idzelis. Jie pasižadėjo paaukoti mokyklai po 200 ir daugiau auksinių. Mokykla buvo įkurta Dominyko Markvaldo name. Vėliau mokyklos išlaikymu rūpinosi ministerija. 1929 m. mokykla buvo uždaryta, po 10 metų čia atkurta šešių klasių progimnazija, kuri dar po dešimtmečio pertvarkoma į vidurinę, vienuolikos klasių mokyklą. 1952 m. išleista pirmoji abiturientų laida. Nuo 1986 metų yra vidurinė mokykla su 12 klasių. 1990 m. mokykla atsisakė anksčiau jai suteikto M. Junčo-Kučinsko vardo. 2002 m. pavasarį mokykla išleido 51-ąją abiturientų laidą, o kartu ir pirmąją laidą, parengtą pagal profiliuoto mokymo metodiką. Per mokyklos gyvavimo metus joje dirbo 24 direktoriai.
1921 m. Tauragės apskr. Ž. Naumiesčio valsčiaus valdyba atidarė vidurinę keturklasę mokyklą.
1922 m. mokyklos išlaikymu pradėjo rūpintis švietimo ministerija.
1923 m. mokyklą baigė pirmoji mokinių laida.
1929 m. Lietuvos Respublikos Ministrų kabinetui nusprendus, mokykla buvo uždaryta.
1939 m. Ž. Naumiestyje atkuriama vidurinė šešių klasių mokykla progimnazija.
1949 m. progimnazija pertvarkoma į vidurinę 11 klasių mokyklą.
1952 m. mokyklą baigia pirmoji abiturientų laida.
1970 m. mokykla persikėlė į naujus namus Dariaus ir Girėno gatvėje.
1973 m. mokyklai suteiktas M. Junčo-Kučinsko vardas. Taip ji vadinosi iki 1990 m. kovo mėn.
1986 m. mokykla pertvarkoma iš 11 į 12 klasių vidurinę mokyklą.
1990 m. mokykla neteko M. Junčo-Kučinsko vardo.
1991 m. buvo mokyklos 70-mečio šventė, pašventinta mokyklos vėliava. Mokyklą baigė 40-oji abiturientų laida.
Nuo 1993 m. geriausiai baigę mokyklą abiturientai yra apdovanojami Baltučių šeimos premija.
1994 m. sausio 1 d. prie vidurinės mokyklos prijungiamas vaikų darželis.
1994 m. rugsėjo 1 d. sujungus darželį ir pradines klases, įkuriama darželis-mokykla. Vidurinėje mokykloje lieka tik 5—12 klasės.
1999 m. pirmą kartą mokykloje svečiuojasi švedai su naujametinėmis dovanomis iš Laplandijos.
2000 m. rugsėjo 1 d. pradėtas vykdyti profilinis mokymas.
2000 m. spalio 27 d. pastatui sukako 30 metų.
2001 m. mokyklai sukako 80 metų. Išleista 50-oji abiturientų laida.
2002—2004 m. buvo įgyvendintas mokyklos aplinkos su stadionu projektas.
2005 m. mokyklai 20-čiai metų paskirta 1314 m² ploto patalpa Šilutės ŽŪM Ž. Naumiesčio skyriuje.
2005 m. Šilutės rajono savivaldybės taryba priėmė sprendimą nuo 2008 m. mokyklą reorganizuoti į Ž. Naumiesčio gimnaziją (po akreditacijos).
2005 m. pradėta mokyklos pastato renovacija (pakeisti langai).
2006-09-01 biologijos, fizikos, geografijos, anglų ir vokiečių k. kabinetai išsikėlė į renovuotas, laikinam naudojimui perimtas patalpas.
2008 m. gruodžio 24 d. Švietimo ir mokslo ministro įsakymu akredituota vidurinio ugdymo programa.
2009 m. balandžio 30d. Šilutės r. savivaldybės tarybos sprendimu pakeistas mokyklos pavadinimas. Nuo dabar ji vadinama Šilutės r. Žemaičių Naumiesčio gimnazija.
Nuo 2009 m. rugsėjo 1 d. Šilutės r. savivaldybės tarybos sprendimu gimnazija turi Šylių pradinio ugdymo skyrių.
Nuo 2010 m. rugsėjo 1 d. informacinių technologijų, chemijos, rusų k. kabinetai perkelti į renovuotas laikinam naudojimui perimtas patalpas.
2012-09-01 reorganizavus Degučių pagrindinę mokyklą įsteigtas gimnazijos Degučių skyrius. Šylių skyrius perduotas Žemaičių Naumiesčio mokyklai darželiui.
2016 m. rugsėjo 1 dieną reorganizavus Gardamo pagrindinę mokyklą, įsteigtas gimnazijos Gardamo progimnazijos skyrius.
2017 m. rugsėjo 1 d. Gardamo progimnazijos skyriuje įkurta visos dienos mišri priešmokyklinio-ikimokyklinio ugdymo grupė.
2019 m. rugsėjo 2 d. Gardamo progimnazijos skyriuje neformuojami pagrindinio ugdymo klasių komplektai.
Mokslo metai | Mokėsi | Baigė | |
Pagrindinę | Vidurinę | ||
2022 – 2023 | 283 (iš jų Gardamo skyriuje – 46) | 33 | 25 |
2021 – 2022 | 292 (iš jų Gardamo skyriuje – 51) | 25 | 23 |
2020 – 2021 | 291(iš jų Gardamo skyriuje – 45) | 33 | 24 |
2019 – 2020 | 319 ( iš jų Degučių skyriuje – 14, Gardamo skyriuje – 47) | 35 | 29 |
2018 – 2019 | 340 (iš jų Degučių skyriuje-17, Gardamo skyriuje -77) | 42 | 20 |
2017 – 2018 | 358 ( iš jų Degučių skyriuje-20, Gardamo skyriuje -80) | 47 | 28 |
2016 – 2017 | 382 ( iš jų Degučių skyriuje 25, Gardamo skyriuje-83) | 37 | 34 |
2015 – 2016 | 327 ( iš jų Degučių skyriuje 30) | 51 | 26 |
2014 – 2015 | 365 ( iš jų Degučių skyriuje 27) | 52 | 44 |
2013 – 2014 | 366 | 63 | 31 |
2012 – 2013 | 377 | 56 | 31 |
2011 – 2012 | 356 | 49 | 39 |
2010 – 2011 | 400 | 49 | 50 |
2009 – 2010 | 393 | 50 | 30 |
2008 – 2009 | 391 | 65 | 39 |
2007 – 2008 | 376 | 66 | 46 |
2006 – 2007 | 390 | 69 | 31 |
2005 – 2006 | 431 | 65 | 41 |
2004 – 2005 | 469 | 64 | 46 |
2003 – 2004 | 471 | 78 | 38 |
2002 – 2003 | 463 | 84 | 35 |
2001 – 2002 | 431 | 48 | 34 |
2000 – 2001 | 385 | 50 | 21 |
1999 – 2000 | 345 | 32 | 28 |
1998 – 1999 | 347 | – | 39 |
1997 – 1998 | 347 | 28 | 40 |
1996 – 1997 | 335 | 40 | 45 |
1995 – 1996 | 307 | 44 | 17 |
1994 – 1995 | 496 | 33 | 29 |
1993 – 1994 | 490 | 49 | 28 |
1992 – 1993 | 485 | 38 | 32 |
1991 – 1992 | 486 | 43 | 41 |
1990 – 1991 | 521 | 42 | 47 |
